医疗器械消毒可以放入医疗器械消毒柜进行消毒。

医疗器械消毒柜是通过紫外线、远红外线、高温（通过加热管进行高温消毒）、臭氧等方式，针对医疗器械、手术专用设备、毛巾、衣物、餐具、医疗设施等物品进行杀菌消毒、保温除湿的工具。

对有些物品，如高温高压后的手术器械可无菌储存，并能边储存边消毒，保存时间长，便于消毒物品现场使用。

紫外线、臭氧对物品消毒是在常温常湿下进行，时间段、操作简便是消毒特殊器械（不能高温高压）的较快捷的方法。


不同传染病病原体各有特点，对不同消毒方法的耐受性不同。如细菌芽胞对各种消毒措施的耐受力较强，必须用杀菌力强的灭菌剂、热力或辐射处理，才能取得较好效果。故一般将其作为较难消毒的代表。

同样消毒方法对不同性质物品、效果往往不同。对油漆光滑的墙面，喷洒药液不易停留，应以冲洗、擦拭为宜。对较粗糙墙面，易使药液停留，可用喷洒消毒。氧烷熏蒸，对易于吸收药物的布、纸张效果较好，而对金属表面，须延长时间。

粪便、痰液消毒不宜用凝固蛋白质药消毒柜物处理，因蛋白质凝固对病原体可起保护作用，高压蒸气杀菌效果虽好，但不宜用于毛皮，塑料和人造纤维制品。

氧烷熏蒸赛璐珞制品，高浓度氧酸或含氯消毒剂如漂白粉浸泡绵织品，来苏液多次长时间浸泡乳胶手套，均可造成损坏。对于食品及餐具不宜用有毒或有恶臭的消毒液处理。